Die Orgel in der Pfarrkirche ist nach den Unterlagen nicht, wie Pfarrer Forsbach 1938 vermerkte, und Pfarrer Louven 1980 gegenüber der Kölnischen Rundschau äußerte. ein Geschenk der Abtei Steinfeld. Die Orgel wurde unter dem engagierten Pfarrer Hendrichs 1830 von dem Orgelbauer Paul Müller aus Reifferscheid erbaut. Auch die Angaben zur Orgel bei E. Wackenroder in den „Kunstdenkmäler des Kreises Schieiden" sind unrichtig. Das die Pfarrkirche Weyer schon vor 1830 eine Orgel besaß, geht aus dem Kaufvertrag zwischen der Pfarrgemeinde Weyer und der Firma P.Müller vom 30. August 1829 hervor. Unter anderem heißt es im Vertrag, daß das alte Pfeifenmaterial, soweit es noch brauchbar, in der neuen Orgel einzubauen sei. Auszuschließen ist nicht, daß dieses Vorgängerinstrument ein Geschenk der Abtei Steinfeld war. Belege hierfür liegen aber nicht vor. Die 1830 erbaute, mit 10 Registern ausgestattete Orgel kostete 350 Taler. 325 Taler wurden durch Kollekten aufgebracht. Den Rest zahlte die Kirchenfabrik Weyer. Im Kaufvertrag wurde dem Erbauer zur Auflage gemacht, die äußere Aufmachung der Orgel mit dem Baustil der Kirche in Einklang zu bringen. Als Eigenleistung hatte die Pfarrgemeinde das Fußgestell und die Blasebälge zu liefern und die Fuhrwerke zum Transport der Materialien zu stellen. Das äußere Profil der Orgel wurde in weißer, das Schnitzwerk in gelber Farbe ausgeführt. In der Mitte wurde sie mit der 80 cm großen Figur der hl.Cäcilia geschmückt.Das Instrument war für die Größe der Kirche und die damaligen Verhältnisse zweckmäßig, entwickelte sich aber im Laufe der Zeit zu einem kostspieligen Sorgenkind.

Mit der zunehmenden Metallknappheit im I.Weltkrieg machte man auch vor den verzinnten Orgelpfeifen in der Pfarrkirche nicht Halt! So mußten die nicht klingenden Prospektpfeifen, ausgebaut und abgeliefert werden. Später stellte man fest, daß die Pfeifen nicht hätten abgeliefert werden müssen, da es sich bei den abgelieferten um klingende Pfeifen gehandelt hatte. Die von der damaligen Reichsregierung erhaltene Entschädigung wurde in einem Orgelfond angelegt, der durch Verkauf einer kircheneigenen Wiesenparzelle an die Gießerei in Vussem um 500 Mark aufgestockt wurde.

1920 wurde die Orgelbühne umgestaltet, um mehr Raum für den Kirchenchor zu erhalten und die Lichtverhältnisse zu verbessern. Dazu wurde die Orgel aus der Mitte der Bühne seitwärts an die Wand versetzt. Die unansehnlichen Leerfelder, die durch die Abgabe der Prospektpfeifen entstanden waren, wurden mit blauem Stoff abgedeckt. Pfarrer Firmenich nannte die Orgel eine alte Greisin. Er konnte es nicht verstehen, daß man 1909 ein Angebot des Orgelbauers Breuer aus Zülpich abgelehnt hatte. eine neue Orgel für 3.570,-Mark, abzüglich 250,-Mark für die Alte, zu erwerben. Jetzt im Jahre 1920 kostete eine neue Orgel bereits 40.000 Mark. 1938 wurden die im I.Weltkrieg abgelieferten Prospektpfeifen durch Neue ersetzt und die Orgel mit zwei neuen klingenden Registern ausgerüstet. Die bisher letzte und wohl umfassenste Renovierung der Orgel und die Neugestal¬tung der Orgelbühne geschah 1973. Die Orgelbühne, die auf Pfeilern von porösen Tuffsteinen ruhte, mußte aus Sicherheitsgründen mit einer Bodenplatte aus Beton versehen werden. Bedingt durch die Anhebung konnte die Orgel nicht mehr auf ihrem alten Standort verbleiben und mußte in den Vordergrund gerückt werden.