Die Gemarkung ist niemals Schauplatz bedeutender Kampfhandlungen gewesen. Sie mußte aber beim Durchmarsch von Truppen Proviant und Quartier gewähren und oft dazu einen hohen Tribut zahlen. Nach dem Raub der Nahrungsmittel (der Krieg ernährt den Krieg) hinterließen sie Seuchen, Angst und Not. Im ältesten Bruderschaftsbuch finden wir von Pfarrer Antonius Heid, eine zeitgeschichtliche bedeutsame Eintragung: „Vom Jahre 1585 an, wo ich, Antonius Gleen (Heid), unwürdiger Priester Gottes, die Bürde dieser Pfarre auf mich nahm, bis einschließlich 1607 war niemals Friede bei uns. sondern schwerste Verfolgung, so daß die Kirche hierselbst nicht nur sehr oft ihrer Zierat entblößt wurde, sondern auch der Pastor mit der ihm anvertrauten Herde ihre Behausung, Dorf und Pfarre verlassen und in die Städte, auf die Burgen, in die Einöde, Verstecke und Höhlen flüchten mußten. Indessen hat unser Heiland Jesus Christus die, die auf ihn vertrauten, nicht verlassen, sondern wunderbar aus der Hand der Feinde errettet, behütet und erhalten. Ihm sei Dank, Lob, Ehre und Ruhm in alle Ewigkeit, Amen."
Sicher beziehen sich diese Klagen auf die Nachwirren des Truchsessischen Krieges (1583 bis 1598), der durch den Übertritt des Kölner Erzbischofs Gebhard Truchseß von Waidenburg zum Protestantismus (1582) und seiner Vermählung mit der Gräfin Agnes von Mansfeld (1583) ausgelöst wurde. Von Papst Gregor VIII. mit dem großen Kirchenbann belegt, versuchte er trotzdem, sein Amt gegen den neuernannten Erzbischof Ernst von Bayern zu behaupten. Dadurch gab er den Anlaß, daß das Gebiet der Erzdiözese Köln zum Durchzugsgebiet wilder Soldatenhorden wurde, wobei Dörfer und Städte in Schutt und Asche sanken.
Die Ursache für die friedlose Zeit von 1598 bis 1607, von der Antonius Heid schreibt. ist nicht deutlich erkennbar. 1607 war das Todesjahr des Mitbelehnten von Weyer, Franz Heinrich von Büchel. Der andere Lehnsinhaber war Hermann von Hambroich, ein Protestant. Mit ihm huldigten auch noch andere Bewohner von Weyer dem neuen Glauben. Das ergibt sich auch aus den spärlichen Eintragungen im Taufregister aus der genannten Zeit. Vielleicht rührten die Drangsale aus der zu Tage tretenden Konfessions-Verschiedenheit.
Aus diesen Jahren der Bedrängnis dürfte auch die Sage vom Lichtschein in der Kirche zu Weyer stammen. Nach ihr soll sich in den Jahren der Bedrängnis durch Feinde der Pfarrer mit seinen Gläubigen in der Kakushöhle verborgen gehalten haben. In gewissen Nächten sei er durch einen unterirdischen Gang in die Kirche zur heimlichen Meßfeier bei flackerndem Kerzenlicht in der Kirche erschienen.
In dem von Heid 1601 angelegten Kirchenbuch finden wir auf Blatt 53 eine kurze Notiz von 1615, wonach im Kirchspiel Weyer 250 Bewohner Opfer der Pest wurden. Vielleicht hatten durchziehende Truppen die Seuche eingeschleppt. In den Anfangsjahren des Dreißigjährigen Krieges (1618 bis 1648) blieb unsere en-gere Heimat noch einigermaßen verschont. Ab 1631 beginnen auch hier die Plünderungen. Zwangsabgaben und Einquartierungen. Als Pfingsten 1644 hessischen Truppen die Kapelle in Kallmuth anzündeten, dürften auch die übrigen Orte im Kirchspiel in Mitleidenschaft gezogen worden sein. Mit dem Ertönen der Friedensglocken 1648 zum Westfälischen Frieden zu Münster und Osnabrück, war jedoch der Krieg in der Eifel noch nicht zu Ende. Spanien und Lothringen konnten sich mit den Franzosen nicht einigen. Erst der Pyrenäenfriede von 1659 brachte endlich Waffenruhe, für wenige Jahre.
1667/68 begann der erste Raubkrieg Ludwigs XIV. von Frankreich, in der die Eifel kaum berührt wurde. Beim zweiten Raubkrieg wurde der Ort Weyer 1677 durch die Franzosen eingeäschert. Nur drei Häuser „Am Jülicherend" und die Pfarrkirche überstanden dieses Flammeninferno. Pfarrer Lindweiler, erst wenige Wochen im Amt, konnte nur das 1601 von Pfarrer Heid angelegte Kirchenbuch aus dem brennenden Pfarrhaus retten, während die anderen Bücher und die alten Akten dem Brand zum Opfer fielen.
Im Spanischen Erbfolgekrieg (1701 bis 1714), im Österreichischen Erbfolgekrieg (1740 bis 1748) und im Siebenjährigen Krieg (1756 bis 1763) wurden in unserer Region zwar keine Schlachten geschlagen, aber dauernde Truppendurchzüge führte eine breite Front des Elends in die Eifel. Krankheiten aller Art, Pest und andere Seuchen, zu denen noch Hungersnöte kamen, entvölkerten die Dörfer und dezimierten in manchen den Viehbestand.
Parallel dazu führten die angeführten Umstände zur Verrohung der einheimischen Bevölkerung und eine Abkehr vom Glauben. Johannes Molitor, Pfarrer von 1702 bis 1719, berichtet, daß zu Beginn seiner Amtszeit die Bevölkerung kaum den Gottesdienst besuchte.
Erst in der zweiten Hälfte des 18.Jahrhunderts wurden die Zeiten ruhiger. In einigen Bereichen stellte sich ein bescheidener Wohlstand ein. Der Geist der Aufklärung breitete sich in den Städten aus. Bei uns hier tritt diese Geistesrichtung nur vereinzelt auf. In Malmedy kommt es zum Aufruf mit der Parole: „Wir wollen Freiheit von dem Joch der Mönche." Die französischen Revolutionstruppen brachten dann 1794 diese Freiheit.